论文与专利

AI-Generated Hallmarks of Aging and Cancer: A Computational Approach Using Causal Emergence and Dependency Networks

利用因果涌现理论和依赖网络方法，通过AI计算生成衰老与癌症的分子标志，为理解衰老-癌症共享机制提供新视角。

与理论的关系：因果涌现与网络依赖分析的方法论基础

Next Generation Aging Clock: A Novel Approach to Decoding Human Aging Through Over 3000 Cellular Pathways

提出基于3000余条细胞通路的新型衰老时钟方法，通过通路级别的表观遗传特征精确量化生物学年龄。

与理论的关系：通路级别的衰老量化为能力组学提供测量工具

From Network Pharmacology to Capomics

2020年提出'能力即靶标'观点，认为应在生命体的结构、功能之外，提出单独的内在能力概念。疾病干预、药物治疗靶标本质上是靶向生物体的内在能力。系统论述从网络药理学到能力组学的理论演进。

与理论的关系：能力组学的奠基论文，论述学术渊源

DNA Methylation-Based TCM Concept and Syndrome Quantification in Depression and Cancer Screening

利用DNA甲基化数据对中医证候进行量化表征，探索中医概念的可计算化方法，并在抑郁症和癌症筛查中验证其应用价值。

与理论的关系：中医证候量化与能力组学的桥梁

Utilizing Pre-trained Network Medicine Models for Generating Biomarkers, Targets, Re-purposing Drugs, and Personalized Therapeutic Regimes: COVID-19 Applications

开发预训练网络医学模型，用于自动生成生物标志物、药物靶标和老药新用方案，并以COVID-19为案例验证其有效性。

与理论的关系：预训练网络模型为能力组学提供可迁移的计算框架

Effects of 10-Day Complete Fasting on Physiological Homeostasis, Nutrition and Health Markers in Male Adults

系统研究10天完全禁食对人体生理稳态、营养代谢和健康标志物的影响，揭示禁食诱导的代谢重塑过程。

与理论的关系：禁食对表观遗传和代谢的重塑效应

DNA Methylation Markers and Prediction Model for Depression and Their Contribution for Breast Cancer Risk

发现抑郁症相关的DNA甲基化标志物，构建预测模型，并揭示抑郁症与乳腺癌风险的表观遗传关联。

与理论的关系：表观遗传标志物连接精神疾病与肿瘤风险的实证

Mining the Selective Remodeling of DNA Methylation in Promoter Regions to Identify Robust Gene-Level Associations With Phenotype

开发启动子区域DNA甲基化选择性重塑的挖掘方法，识别与表型稳健关联的基因水平标志物，为精准医学提供新策略。

与理论的关系：SEMO方法学的核心论文之一

Blood Cell DNA Methylation of Aging-Related Ubiquitination Gene DZIP3 Can Predict the Onset of Early Stage Colorectal Cancer

发现衰老相关泛素化基因DZIP3的DNA甲基化模式可作为早期结直肠癌的无创预测标志物。

与理论的关系：衰老-癌症共享的表观遗传机制

Time Series Analysis of Microbiome and Metabolome at Multiple Body Sites in Steady Long-Term Isolation Confinement

对长期隔离环境下多个身体部位的微生物组和代谢组进行时间序列分析，揭示极端环境对人体微生态的动态影响。

与理论的关系：极端环境下微生态与表观遗传的动态关联

Natural Products for COVID-19 by Integrating Computational Screening and Literature Evidence

利用计算药理学方法对中药天然产物进行系统筛选，结合文献证据进行集成分析，发现中药天然产物不光可靶向宿主，对病毒也有直接作用。

与理论的关系：网络药理学方法在中药抗病毒研究中的应用

Heat Diffusion Kernel Algorithm-Based Interpretation of the Disease Intervention Mechanism for DHA

利用热扩散核算法解读DHA（二十二碳六烯酸）的疾病干预机制，通过网络传播方法揭示其多靶标作用模式。

与理论的关系：网络传播算法在网络药理学中的方法论贡献

Insulin-resistance and Depression Cohort Data Mining to Identify Nutraceutical Related DNA Methylation Biomarker for Type 2 Diabetes

通过胰岛素抵抗和抑郁症队列数据挖掘，识别与营养保健品相关的2型糖尿病DNA甲基化生物标志物。

与理论的关系：代谢-精神-表观遗传的多维度关联研究

DNA Methylation Biomarkers Predict Objective Responses to PD-1/PD-L1 Inhibition Blockade

发现DNA甲基化标志物可有效预测肿瘤患者对PD-1/PD-L1免疫检查点阻断治疗的客观应答，为免疫治疗提供表观遗传预测工具。

与理论的关系：表观遗传标志物预测药物疗效的实证研究

Personalized Epigenome Remodeling Under Biochemical and Psychological Changes During Long-Term Isolation Environment

研究长期隔离环境下生化指标和心理变化对个体表观基因组的重塑效应，揭示环境-心理-表观遗传的交互机制。

与理论的关系：环境诱导的表观基因组重塑为能力储备的可塑性提供证据

Integrated Analysis of DNA Methylation and Biochemical/Metabolic Parameter During the Long-Term Isolation Environment

整合分析长期隔离环境下DNA甲基化变化与生化代谢参数的关联，建立多组学关联网络。

与理论的关系：多组学整合分析的方法论贡献

Circulating microRNAs Correlated with Bone Loss Induced by 45 Days of Bed Rest

鉴定与45天卧床休息诱导的骨丢失相关的循环microRNA，为太空医学和骨质疏松研究提供分子标志物。

与理论的关系：极端环境下骨代谢的分子标志物研究

Functional Constraints on Adaptive Evolution of Protein Ubiquitination Sites

系统分析蛋白质泛素化位点的进化约束规律，揭示泛素化修饰在蛋白质功能调控中的进化特征。

与理论的关系：翻译后修饰的进化约束为靶标选择提供理论基础

Pre-clinical Drug Prioritization via Prognosis-Guided Genetic Interaction Networks

提出基于预后引导的遗传互作网络方法，用于临床前候选药物的优先级排序，为药物发现提供计算框架。

与理论的关系：网络药理学方法论的早期探索

Genome Wide Prediction of Protein Function via a Generic Knowledge Discovery Approach Based on Evidence Integration

开发基于多源证据整合的通用知识发现方法，用于全基因组水平的蛋白质功能预测，为生物信息学提供新的分析框架。

与理论的关系：证据整合方法论的奠基性工作