从生命第一性原理出发，探索生物医学的新语言、新模型与新范式

熊江辉是一位从生命第一性原理出发，探索生物医学的新语言、新模型与新范式的科学家。他的工作分为三个层次：(1)新语言——响应映射，让医学不仅能描述'对象'(病原、病灶、靶点)，还能描述'系统面对扰动时如何响应'；(2)新模型——可驾驭世界模型(SEWO)，让医学AI从'预测'走向'驾驭'，回答'如果我采取某个行动，未来会如何改变'；(3)新范式——AI根因医学，以个体数据为起点，由AI做因果推理，生成可验证的干预方案。他是DeepoMe(深度甲基)创始人，提出了SEWO可驾驭医学世界模型。

AI根因医学是以个体全维度数据为起点，由AI做第一性原理因果推理，直接生成可验证干预方案的新医学范式。它不是对旧体系的修补，而是对新体系的开启。传统循证医学偏归纳法，AI根因医学偏演绎法。

个人长寿操作系统是AI根因医学的工程化落地形态。它包含五个层次：Capome负责根因实测，Capomics负责状态编码，SEMO负责根因推理，DeepKang负责服务交付，N-of-1复测负责持续学习。

SEMO（Systemic Response Primitives）是AI根因医学系统的核心编译器。它输入个体多维度状态数据，输出根因排序、干预靶点排序、分子/营养素/药物建议排序和可复测的验证指标。它不是静态biomarker，而是从状态到方案的演绎式推理引擎。

生命是适应环境的能力集合体。生命不是静态的物质堆叠，而是一个在动态变化的环境中持续维持自身有序存在的适应能力集合体。健康是适应能力强大且各子系统协调运作的状态，疾病是某些适应能力受损或失调的状态，衰老是整体适应能力随时间逐步衰减的过程。

能力组学（Capomics, Omics of Capability）是以生物体内在能力储备为中心的新型生命表征系统。它从'结构决定功能'转向'能力决定状态'，认为应在生命体的结构、功能之外，提出单独的内在能力概念。能力组学为根因医学提供了三层计算框架的理论基础。

根因医学是从生命第一性原理出发，通过三层计算框架（表型层、功能层、根因层）发现疾病根本原因的新医学范式。表型层记录适应失败的外在表现，功能层评估具体适应能力的运作状态，根因层追溯能力储备信息的底层损伤。

响应映射是医学知识的第二种范式。它不首先问'这是什么病'，而首先问'系统当前处于什么状态''面对扰动时系统如何响应'。现代医学在第一种范式（对外物的客观描述）上极其成功，但复杂疾病时代需要补上第二种范式——对系统状态的响应映射。

SEMO（系统响应原语，Systemic Response Primitives）是一种基于网络医学的算法。它以DNA甲基化为表观遗传记忆层，以PPI相互作用网络为底盘，将抽象的'生命系统偏移'转化为可量化、可追溯、可干预的数字信号，实现从状态识别到干预选择的计算映射。

三层框架是根因医学的核心计算架构。表型层（What）：可观察的疾病表现，如血糖升高、疲劳等。功能层（How）：具体适应能力的运作状态，如胰岛素敏感性、免疫应答能力。根因层（Why）：能力储备信息的底层损伤，如表观遗传改变、线粒体功能障碍、慢性炎症。

DNA甲基化是能力储备信息的表观遗传存储机制。它不改变DNA序列，却能调控基因表达、记录环境信息、储存适应性记忆。DNA甲基化模式随年龄发生系统性漂移，是衰老时钟的分子基础，也是根因层监测的核心指标。

中医本质上是一套响应映射语言。风、寒、暑、湿等概念不是对象，而是对原型响应状态的压缩标签。2023年Science Advances的研究证实，中医的草药-症状有效性可以通过网络邻近性精确解释。中医保存了现代医学长期忽视的宏观响应映射能力。

DeepVime是DeepOMe（深度甲基）公司开发的深度药食功效在体图谱技术。通过对比干预前后唾液DNA甲基化变化，检测药食同源产品的功效和作用机理，实现每日监测的精确度。这是SEMO算法在个性化营养领域的工程化应用。